在使用X荧光光谱仪时，谱线干扰的来源基本就是两个方面，仪器和样品。属于样品中固有的干扰线除采用化学分离方法去除干扰元素外，有的也可以利用仪器方法来克服，或者进行数学上的校正。

1）激发源

对于X射线管说来，可以根据可能产生谱线干扰的来源，更换适当靶材的x射线管，选择足以抑制干扰谱线出现的管压，将样品屏蔽到较小的区域以减少强大的原级标识光谱的散射等。若还不能有效地克服来自激发源的干扰时，有时也可以采用滤光片以消除干扰线，或者以原级束照射能够产生波长略短于分析元素吸收限的次级靶，然后以次级靶作为试样的激发源。

上面克服谱线干扰的各种方法，往往在不同程度上牺牲了分析线的强度，可是，由于消除或抑制了干扰线，与此同时也在大多数情况下抑制了散射线本底的强度，因而常常不会影响到测定的灵敏度。在波长色散法中，它的主要缺点是，为积累足够大的计数，需要耗费较长的测量时间。在能量色散法中则不存在这个问题，而且灵敏度也很高。

2）分析晶体与光路

对一定结构的波长色散X射线光谱分析仪说来，可以通过选择适当的分析晶体，以消除存在于样品中干扰元素的偶数级反射线对分析线（或参比线）干扰。此外选择分辨率高的分析晶体和准直器，有时也可以消除或减轻某些谱线的干扰。

其它的，在光路中可变的部件就是标本座、样品的薄膜底座和x射线束衰减 （减光板）等。有时，还有可能用到滤光片，对于这些可变的部件，可以根据实际情况作出选择，以便将谱线干扰限制在最低限度。

3）探测和测量系统

尽可能选择有利工作条件，以减少或消除上述激发源和光学系统无法消除的干扰谱线。

一种X荧光光谱仪内部结构